Les racines des Gymnospermes présentent une assise pilifère avec un nombre de poils absorbants restreint. 

L'écorce est bien développée et se termine par un endoderme avec des parois lignifiées et épaissies. Le cylindre central est délimité dans sa partie la plus externe par un péricycle. Le xylème primaire, à différenciation centripète, alterne avec le phloème primaire. Il n'y a pas de parenchyme central et les pôles vasculaires se rejoignent au centre.

Chez les Cyprès et les Ifs, on peut observer deux pôles vasculaires, on dit que les racines sont diarches; chez les Pins, les Sapins, on compte trois à sept pôles vasculaires, deux ou trois chez les Gingkoacées et trois à cinq chez les Cycadacées.